Kartuziáni v Červenom Kláštore začali v prvej etape s provizórnou stavbou. Vznikol drevený objekt, ktorý bol postupne prestavaný na kamenný a tehlový kláštor.
Už v prvej polovici 14. storočia vybudovali samostatné domčeky pre pátra, každé s vlastnou záhradkou. V roku 1360 sa začalo so stavbou najvýznamnejšieho kláštorného objektu – kostola.
Stavebné práce prebiehali podľa prísnych pravidiel rádu, ktorý mal vypracovaný vlastný typ kostolnej architektúry – bez veže a bočných lodí. Zasvätenie kostola i samotného miesta svätému Antonovi Pustovníkovi nebolo náhodné. Kartuziáni si ho zvolili za patróna ako vzor kontemplácie, teda rozjímania.
Kostol bol prepojený s malou krížovou chodbou a zároveň s veľkou krížovou chodbou, ktorá spájala obytné domčeky – pustovne pátrov.
Na prelome 15. a 16. storočia prebiehala renovácia kláštora, predovšetkým objektov konventu i kapitulnej siene. Zo severnej strany pristavili nové vstupné nádvorie do areálu kláštora s veľkým hospodárskym objektom (maštale, sýpky). Pri východnom múre sa nachádzal hospic a nemocnica. Kláštorný mlyn stál pri juhovýchodnom nároží.
Pustovne boli postavené po obvode vnútorného nádvoria kláštora. Ku každému domčeku bola pripojená samostatná záhradka približne na rovnako veľkej ploche (zhruba 9 × 9 m).
V roku 1351 sa kláštor organizačne osamostatnil od materského kláštora v Letanovciach a postupne sa stal významným cirkevným strediskom na uhorsko-poľskej hranici. Darmi a kúpami získal rozsiahle pozemky a viaceré výsady, medzi ktoré patrilo právo rybolovu na Dunajci, právo mlyna, právo varenia piva aj právo vykonávať miestnu súdnu právomoc.
V priebehu ďalších storočí kláštor získaval ďalšie majetky a privilégiá. V roku 1472 získala Lechnická kartúza majetok od Jána Felkesa a Ladislava Szatmaka – desať viníc v oblasti Tokaja. Uhorský kráľ Matej Korvín každoročne udeľoval kláštoru dar vo výške 18 florénov.
V roku 1494 oslobodil kráľ Vladislav II. kláštor od poplatkov a mýta pri prevoze vína do Poľska. O sedem rokov neskôr rozhodol, že mnísi budú každoročne dostávať tri krúžky bieleho súkna, dve tony rýb a tonu oleja z výnosu košického tridsiatku. V roku 1518 potvrdil poľský kráľ Žigmund Starý všetky privilégia udelené kartuziánom v Lechnici. Zároveň im povolil rybolov na oboch brehoch Dunajca a potvrdil právo jeho prekračovania.
Po odchode kartuziánskych mníchov z Lechnického kláštora stratil objekt charakter duchovného sídla. Od roku 1563 prevzal správu jeho nehnuteľností spišský prepošt Juraj Bornemisza.
Od roku 1569 prešiel celý majetok do rúk svetských vlastníkov. Najskôr ho vlastnili Magócziovci, neskôr Štefan Tököli a Juraj Horváth. Po jeho smrti v roku 1625 získal majetok Pavol Rákoczy.
Gróf Pavol Rákoczy podporoval obnovu kláštora aj z osobných dôvodov, keďže sa s rodinou v jeho priestoroch dlhšie zdržiaval. V rukách tejto významnej šľachtickej rodiny zostal kláštor až do roku 1699, keď ho Alžbeta Rákoczyová predala za 30 000 zlatých nitrianskemu biskupovi Ladislavovi Maťašovskému.
Maťašovský v roku 1704 vo svojom závete odkázal kláštor kamaldulom, ktorí pôsobili v Nitre. Začiatkom 18. storočia tak do kláštora opäť prišlo pustovnícky prísne orientované mníšske spoločenstvo.
V roku 1747 bol vysvätený opravený a nanovo vymaľovaný jednoloďový gotický Kostol sv. Antona Pustovníka s novým mobiliárom. V súlade s tradíciou kartuziánov kostol nemal vežu. Tá bola pristavaná až v roku 1750. Vo výklenku veže bola umiestnená pieskovcová plastika Nepoškvrnenej Panny Márie, ktorá sa dnes nachádza v malej krížovej chodbe.
Za pôsobenia kamaldulov získal kostol bohatú polychrómovanú štukovú výzdobu a nástenné maľby, ktoré zhotovili talianski majstri.
V rámci klauzúry boli prestavané aj mníšske domčeky. Z pôvodných 13 pustovní sa zachovalo 10 – tri v obnovenom stave a sedem ako kamenné torzá.
V roku 1754 bolo obnovené vstupné krídlo kláštorného dvora a vybudované druhé, vonkajšie hospodárske nádvorie. Oproti novej západnej vstupnej bráne na I. nádvorí, v polohe zvanej Uhliská, bola postavená kamenná kaplnka pre okoloidúcich pocestných (dnes sa z nej zachovali iba ruiny).
Mnísi sa starali aj o kláštornú záhradu pri brehoch Dunajca. Postupne sa premenila na park, kde boli neskôr vysadené lipy. Lechnická farnosť dala vedľa záhrady postaviť súsošie Najsvätejšej Trojice s dodnes čitateľným nápisom z roku 1768. V súčasnosti je originál uložený v Kostole sv. Antona Pustovníka a na pôvodnom mieste v parku sa nachádza jeho verná kópia.
Kamalduli nadviazali aj na hospodárske tradície svojich predchodcov. Už v roku 1718 obnovili sklárne v Lesnici. Sklárske dielne patriace kláštoru sa nachádzali aj vo Veľkej Lesnej a v Reľove.
Mimo kláštorných múrov obhospodarovali polia s obilím a strukovinami. Mali právo rybolovu na Dunajci, právo výberu cla a prevádzkovali aj mlyn. V areáli kláštora sa nachádzali vozovňa, maštale pre dobytok a sklad sladu. Tieto činnosti zabezpečovali nielen ich skromné potreby, ale pomáhali aj obyvateľom okolia.
Zásluhou kamaldulov sa Červený kláštor najmä prostredníctvom diel dvoch výrazných osobností: pátra Romualda Hadbavného (a jeho preklad Písma svätého – Kamaldulská biblia) a frátra Cypriána (tvorca tzv. Cypriánovho Herbára), nezabudnuteľne zapísal do dejín slovenskej kultúry.
Po svojom nástupe na trón sa cisár Jozef II., syn Márie Terézie, v rámci svojich reforiem rozhodol zrušiť viaceré kláštory, medzi nimi aj Červený kláštor. Cisárskym dekrétom, ktorý bol v Červenom kláštore prečítaný 24. apríla 1782, bolo mníchom nariadené opustiť kláštor do 24. septembra toho istého roku. Mnísi následne odišli do iných kláštorov a objekty kláštora začali postupne chátrať.
V roku 1820 daroval cisár František I. kláštor spolu s priľahlými pozemkami novovzniknutému gréckokatolíckemu biskupstvu so sídlom v Prešove, ako súčasť jeho hmotného a finančného zabezpečenia.
Po zrušení poddanstva v Uhorsku v roku 1848 začal kláštor výraznejšie upadať. Jeho zhoršujúci sa stav vyvrcholil v roku 1907, keď kláštorný areál vyhorel.
