Kartuzi w Czerwonym Klasztorze rozpoczęli od tymczasowej budowy. Powstał drewniany budynek, który stopniowo przebudowywano na klasztor z kamienia i cegły. Już w pierwszej połowie XIV wieku Kartuzi budowali oddzielne domy z ogródkami dla mnichów W 1360 r. rozpoczęto budowę najważniejszego budynku klasztornego – kościoła. Prace prowadzono zgodnie z wiernie ustalonymi zasadami, gdyż klasztor wypracował własny typ budowli kościelnej – bez wieży i naw bocznych. Poświęcenie kościoła i samego miejsca św. Antoniemu Pustelnikowi nie było przypadkowe. Kartuzi wybrali go na patrona jako wzór kontemplacji. Kościół połączony był z małym i jednocześnie z dużym krużgankiem, który łączył domy mieszkalne – pustelnie mnichów.
Na przełomie XV i XVI w. odnowiono klasztor, konwent i salę kapitulną. Od strony północnej dobudowali nowy dziedziniec wejściowy do zespołu klasztornego z dużym budynkiem gospodarczym (stodoły, spichrze). Przy wschodniej ścianie znajdowało się hospicjum i szpital. Młyn klasztorny stał w południowo-wschodnim narożniku.
Pustelnie zostały zbudowane wokół obwodu wewnętrznego dziedzińca klasztornego. Każdy dom był połączony z oddzielnym ogrodem o mniej więcej równej powierzchni (około 9 × 9 m).
W 1351 roku klasztor organizacyjnie uniezależnił się od macierzystego klasztoru w Letanovcach i stopniowo stawał się ważnym ośrodkiem kościelnym na pograniczu polsko-węgierskim. Poprzez darowizny i zakup nabył rozległe grunty i otrzymał ważne przywileje, w tym prawo do połowu ryb na Dunajcu, prawo do młyna, prawo do warzenia piwa oraz prawo do sprawowania miejscowej jurysdykcji. Ponadto w 1472 roku Lechnická kartúza nabyła majątek od Jána Felkesa i Ladislava Szatmaka- 10 winnic w okolicy Tokaju. Co roku węgierski król Matej Korvín ofiarował klasztorowi 18 florenów (średniowieczne złote monety). W 1494 r. Król Węgier Władysław II zwolnił kartuzów z opłat i myta przy przewozie wina do sąsiedniej Polski. W 1501 roku król Władysław II zdecydował, że mnisi będą dostawać trzy pierścienie białego sukna, dwie tony ryb i tonę oliwy z trzydziestu koszyckich zbiorów każdego roku. W 1518 r. Polski król Zygmunt Stary potwierdził w Lechnicach przywileje wydane kartuzom przez jego poprzedników. Jednocześnie pozwolił im łowić ryby po obu brzegach Dunajca i potwierdził prawo do przekraczania rzeki.
W XV wieku nastał rozkwit klasztoru, który przerwał najazd wojsk husyckich z Czech. Klasztor stał się celem najazdów pod wodzą Jána Pardusa z Hrádka i Fridricha ze Strážnic. Najtrudniejsze chwile dla wspólnoty zakonnej miały miejsce podczas pierwszego najazdu husyckiego w 1431 r., kiedy to porwano przeora klasztoru, a sam klasztor i okoliczny teren został spalony i splądrowany. Podczas drugiego najazdu w 1433 roku klasztor został ponownie ograbiony. Nawet po najazdach husyckich klasztor nie zaznał spokojnych czasów. Powodem były wojska brackie, które w latach 1447-1448 nie tylko napadły na oba klasztory spiskie, ale także osiedliły się tutaj i zbudowały twierdze polne. Ich wieloletnia obecność spowodowała upadek klasztoru i upadek gospodarczy lokalnych społeczności.
Burzliwa sytuacja w kraju, początek reformacji, podwójny rząd i walka o tron między Ferdynandem Habsburgiem a Janem Zapolskim doprowadziły do wybuchów nietolerancji religijnej. Oba klasztory spiskie ucierpiały na skutek wstrząsów zachodzących w kraju. Zaczęły tracić majątek i stały się celem najazdów. Mnisi zaczęli stopniowo opuszczać klasztor i udawali się do spokojniejszych miejsc Polski, Austrii i Moraw. W 1563 r. klasztor został skasowany, a wraz ze śmiercią ostatniego przeora praktycznie zniknął.
Po odejściu kartuzów z klasztoru w Lechnicach budynek stracił charakter duchowej siedziby. Od 1563 roku zarządzanie jego majątkiem przejął spiski przeor Juraj Bornemisza. Od 1569 roku cały majątek przeszedł w ręce właścicieli świeckich. Najpierw była to rodzina Magóczi, potem Štefan Tököli i Juraj Horváth. Po jego śmierci w 1625 roku cały majątek nabył Paweł Rákoczy. Hrabia Paweł Rákoczy wspierał odbudowę klasztoru z powodów osobistych, ponieważ bywał z rodziną w klasztorze dłużej niż jego dawni właściciele. Klasztor był własnością tej ważnej rodziny arystokratycznej do 1699 roku, kiedy to Elżbieta Rákoczy sprzedała go za 30 000 biskupowi nitrzańskiemu Ladislavowi Maťašovskiemu. W 1704 roku Maťašovský zapisał klasztor w testamencie Kamedułom, którzy mieszkali w Nitrze. Na początku XVIII wieku do klasztoru ponownie przybyła ściśle ukierunkowana wspólnota mnichów.
Po przybyciu do Zamagurza mnisi skupili się na odbudowie i w wielkiej mierze przyczynili się do renowacji całego zespołu klasztornego, który naprawiali stopniowo, zgodnie z potrzebami zakonu. Część budynków przebudowano w stylu barokowym, część dobudowano, dzięki czemu w połowie XVIII wieku klasztor uzyskał swój ostateczny wizerunek, jaki możemy podziwiać dziś.
W 1747 r. został poświęcony, wyremontowany i przemianowany na jednonawowy gotycki kościół św. Antoniego Pustelnika wraz z nowym wyposażeniem. Zgodnie z tradycją kartuzów kościół nie posiadał wieży. Została dobudowana w 1750 r. Na wieży w niszy, która obecnie zdobi niewielki krużganek, umieszczono rzeźbę Niepokalanej Maryi Panny wyciosanej w piaskowcu. Kamedułowie zdobyli dla kościoła bogatą polichromowaną dekorację stiukową z malunkami wykonanymi przez mistrzów włoskich.
W ramach klauzury odbudowano domy mnichów. Z pierwotnych trzynastu pustelni zachowało się dziesięć. Obecnie trzy odrestaurowano, a siedem znajduje się w kamiennych zabudowaniach.
W 1754 r. odnowiono skrzydło wejściowe dziedzińca klasztornego i wybudowano drugi, gospodarczy dziedziniec. Naprzeciw nowej zachodniej bramy wjazdowej, na pierwszym dziedzińcu na wzgórzu „Uhliská” wybudowano dla przechodniów kamienną kaplicę (dziś pozostały tylko ruiny). Wzorowo zadbano o ogród klasztorny graniczący z brzegiem Dunajca. Ogród stał się później parkiem, w którym mieszkańcy posadzili lipy. Parafia Lechnice zleciła wybudowanie obok ogrodu klasztornego rzeźby Świętej Trójcy z widocznym do dziś napisem 1768. Obecnie w kościele św. Antoniego Pustelnika jest przechowywany oryginał tej rzeźby, a w parku na jej miejscu znajduje się wierna kopia.
W tradycji gospodarczej mnisi Kamedułowie nawiązali do swoich poprzedników. Już w 1718 r. udało im się odnowić hutę szkła w Leśnicach. Należące do klasztoru warsztaty szklarskie znajdowały się w Richwald (Veľká Lesná) oraz w Relowie (Reľovie). Oprócz murów klasztornych znajdowały się tu także pola ze zbożami i roślinami strączkowymi. Zakonnicy mieli prawo łowić na Dunajcu oraz pobierać opłaty celne. Prowadzili młyn, a na dziedzińcach klasztornych znajdowały się również gumno, stajnie dla bydła i magazyn słodu. Dzięki tym zajęciom mnisi zaspokajali swoje skromne potrzeby, a także pomagali innym ludziom w okolicy.
Dzięki Kamedułom Czerwony Klasztor stał się znany, szczególnie dzięki dziełom dwóch wybitnych osobistości: księdza Romualda Hadbavnégo (przekład Pisma Świętego – Biblia Kamaldul) i brata Cypriana (Zielnik), który w niezapomniany sposób wszedł do historii kultury słowackiej.
Po objęciu tronu cesarz Józef II, syn Marii Teresy, w ramach swoich reform podjął decyzję o likwidacji wielu klasztorów, w tym Czerwonego Klasztoru. Dekret cesarski, odczytany w Czerwonym Klasztorze 24 kwietnia 1782 r., rozporządzał mnichom opuścić klasztor do 24 września. Mnisi opuścili klasztor i udali się do innych klasztorów, a budynki popadały w ruinę przez wiele kolejnych lat.
W 1820 roku cesarz Franciszek I podarował klasztor wraz z przynależną do niego ziemią i majątkiem nowo powstałej diecezji greckokatolickiej z siedzibą w Preszowie, jako część podstawy jego zabezpieczenia materialnego i finansowego. Jednak po latach odrodzenia i po zniesieniu pańszczyzny na Węgrzech w 1848 r., klasztor zaczął znacznie podupadać, a jego los został przypieczętowany w 1907 r., kiedy to klasztor spłonął.
