Kartuziáni v Červenom Kláštore začali v prvej etape provizórnou stavbou. Vznikol drevený objekt, ktorý postupne prestavali na kláštor z kameňa a tehly. Už v prvej polovici 14. storočia kartuziáni postavili samostatné domčeky pre pátrov, so záhradkami. V roku 1360 sa začalo so stavbou najvýznamnejšieho kláštorného objektu, kostola. Práce prebiehali v súlade s verne stanovenými pravidlami, pretože rehoľa mala vypracovaný vlastný typ kostolnej stavby – bez veže a postranných lodí. Zasvätenie kostola i samotného miesta svätému Antonovi Pustovníkovi nebolo náhodné. Kartuziáni si ho vybrali za patróna ako vzor kontemplatívnosti, teda rozjímania. Kostol bol napojený na malú krížovú chodbu a zároveň na veľkú krížovú chodbu, ktorá spájala obytné domy – pustovne pátrov. Predpokladáme že to vyzeralo asi takto.
Na prelome 15. a 16. storočia prebiehala renovácia kláštora, predovšetkým objektov konventu i kapitulnej siene. Zo severnej strany pristavili nové vstupné nádvorie do areálu kláštora s veľkým hospodárskym objektom (maštale, sýpky). Pri východnom múre sa nachádzal hospic a nemocnica. Kláštorný mlyn stál pri juhovýchodnom nároží.
Pustovne boli postavené po obvode vnútorného nádvoria kláštora. Ku každému domčeku bola pripojená samostatná záhradka približne na rovnako veľkej ploche (zhruba 9 × 9 m).
V roku 1351 sa kláštor organizačne osamostatnil od materského kláštora v Letanovciach a postupne sa stal dôležitým cirkevným strediskom na uhorsko-poľskej hranici. Darmi a kúpami získal rozsiahle pozemky a dostal dôležité výsady, ku ktorým patrili aj právo rybolovu na Dunajci, právo mlyna, právo varenia piva a právo vykonávania miestnej súdnej právomoci. Navyše v roku 1472 získala Lechnická kartúza majetok od Jána Felkesa a Ladislava Szatmaka a to 10 viníc v oblasti Tokaja. Uhorský kráľ Matej Korvín daroval každoročne kláštoru 18 florénov (stredoveké zlaté mince). V roku 1494 Vladislav II., uhorský kráľ, oslobodil kartúzu od poplatkov a mýta pri prevoze vína do susedného Poľska. V roku 1501 rozhodol kráľ Vladislav II., že mnísi budú každoročne dostávať tri krúžky bieleho súkna, dve tony rýb a tonu oleja z výnosu košického tridsiatku. Poľský kráľ Žigmund Starý potvrdil v roku 1518 privilégia vydané jeho predchodcami kartuziánom v Lechnici. Zároveň im povolil rybolov na oboch brehoch Dunajca a potvrdil právo prechodu cezeň.
V 15. storočí bol rozkvet kláštora prerušený vpádom husitských vojsk z Čiech. Stal sa terčom spanilých jázd pod vedením Jána Pardusa z Hrádku a Fridricha zo Strážnice. Najťažšie chvíle v kláštornom spoločenstve nastali počas prvého husitského vpádu v roku 1431, keď uniesli priora kláštora, vypálili a vydrancovali jeho priestory. Pri druhom vpáde v roku 1433 bol kláštor znovu vyplienený. Ani po husitských vpádoch nenastali pokojné časy, aby sa kláštor mohol pozviechať. Príčinou boli bratrícke vojská, ktoré v rokoch 1447 – 1448 nielenže napadli obe spišské kartúzy, ale sa tu aj usadili a vybudovali si poľné pevnosti. Ich dlhodobá prítomnosť mala za následok chátranie kláštora i hospodársky úpadok tunajších obcí.
Rozhárané pomery v krajine, začiatok reformácie, dvojvládie a boje o trón medzi Ferdinandom Habsburským a Jánom Zápoľským viedli k výbuchom náboženskej neznášanlivosti. Rozvratom v krajine trpeli obe spišské kartúzy. Začali strácať majetky a stali sa cieľom prepadov. Postupne mnísi kláštor opúšťali a odchádzali do pokojnejšieho Poľska, Rakúska a na Moravu. V roku 1563 bol kláštor zrušený, a smrťou posledného priora zanikol aj prakticky.
Po odchode kartuziánskych mníchov z Lechnického kláštora stratil objekt charakter duchovného príbytku. Od roku 1563 prevzal správu jeho nehnuteľnosti spišský prepošt Juraj Bornemisza. Od roku 1569 celý majetok prešiel do rúk svetských vlastníkov. Najskôr to boli Magócziovci, po nich Štefan Tököli a Juraj Horváth. Po jeho smrti v roku 1625 získal majetok Pavol Rákoczy. Gróf Pavol Rákoczy podporoval obnovu kláštora z osobných dôvodov, pretože sa s rodinou v kláštore zdržiaval dlhšie ako jeho bývalí majitelia. Vo vlastníctve tejto významnej šľachtickej rodiny bol do roku 1699, kedy ho Alžbeta Rákoczyová predala za 30 tisíc nitrianskemu biskupovi Ladislavovi Maťašovskému. Maťašovský odkázal v roku 1704 vo svojom závete kláštor kamaldulom, ktorý sídlili v Nitre. Začiatkom 18. storočia tak prišlo do kláštora znovu pustovnícky prísne orientované spoločenstvo mníchov.
Po svojom príchode na Zamagurie sústredili pozornosť na rekonštrukciu a zaslúžili sa o renováciu celého areálu kláštora, ktorý postupne opravili v súlade s potrebami rehole. Niektoré objekty prestavali v barokovom štýle, niektoré dobudovali a tak v polovici 18. storočia dostal kláštor svoju konečnú podobu, v akej ho obdivujeme dodnes.
V roku 1747 vysvätili opravený a nanovo vymaľovaný jednoloďový gotický Kostol sv. Antona Pustovníka s novým mobiliárom. Podľa tradície kartuziánov, kostol nemal vežu. Tú pristavili v roku 1750. Na veži vo výklenku umiestnili pieskovcovú plastiku Nepoškvrnenej Panny Márie, ktorá v súčasnosti zdobí malú krížovú chodbu. Za kamaldulov kostol získal bohatú polychrómovanú štukovú výzdobu a maľovku, zhotovenú talianskymi majstrami.
V rámci klauzúry prebudovali mníšske domčeky. Z pôvodných 13 pustovní ostalo zachovaných 10. V súčasnosti zostali tri obnovené a sedem je v kamennom torzálnom stave.
V roku 1754 obnovili vstupné krídlo kláštorného dvora a postavili druhé, vonkajšie hospodárske nádvorie. Oproti novej západnej vstupnej bráne na I. nádvorí v kopci zvanom „Uhliská“ vymurovali kamennú kaplnku (dnes sú z nej len ruiny) pre okoloidúcich pocestných. Vzorne sa starali o kláštornú záhradu hraničiacu s brehmi Dunajca. Zo záhrady sa neskôr stal park, v ktorom neskôr obyvatelia vysádzali lipy. Lechnická farnosť dala vedľa kláštornej záhrady postaviť súsošie Najsvätejšej Trojice s dodnes dobre viditeľným nápisom 1768. V súčasnosti je originál uložený v kostole s. Antona Pustovníka a na jeho mieste v parku je verná kópia.
V hospodárskej tradícii nadviazali kamaldulskí mnísi na svojich predchodcov. Už roku 1718 sa im podarilo obnoviť sklárne v Lesnici. Sklárske dielne patriace kláštoru boli v Richvalde (Veľká Lesná) a v Reľove. Mimo múrov kláštora sa nachádzali aj polia s obilím a strukovinami. Mnísi mali právo rybolovu na Dunajci, právo vyberať clo. Prevádzkovali mlyn. Na nádvoriach kláštora existovala aj vozovňa, stajne pre dobytok a sklad sladu. Mnísi týmito činnosťami pokrývali svoje skromné potreby a pomáhali aj ostatným ľuďom v okolí.
Zásluhou kamaldulov sa Červený kláštor najmä prostredníctvom diel dvoch výrazných osobností: pátra Romualda Hadbavného (a jeho preklad Písma svätého – Kamaldulská biblia) a frátra Cypriána (tvorca tzv. Cypriánovho Herbára), nezabudnuteľne zapísal do dejín slovenskej kultúry.
Po svojom nástupe na tron sa cisár Jozef II., syn Márie Terézie, v rámci svojich reforiem rozhodol zrušiť mnohé kláštory, medzi nimi i Červený kláštor. Cisárskym dekrétom, ktorý v Červenom kláštore prečítali 24. apríla 1782, bolo nariadené mníchom opustiť kláštor do 24. septembra. Mnísi z kláštora odišli do iných kláštorov a objekty nášho kláštora ďalšie roky už len chátrali.
V roku 1820 daroval cisár František I. kláštor a k nemu prináležiace pozemky a majetky novovzniknutému gréckokatolíckemu biskupstvu so sídlom v Prešove ako súčasť základiny na jeho hmotné a finančné zabezpečenie. Po rokoch opätovného vzmáhania sa však po zrušení poddanstva na území Uhorska v roku 1848 začal kláštor výraznejšie upadať a jeho stav sa zavŕšil v roku 1907, kedy kláštor vyhorel.
